Рассеянный склероз (РС) представляет собой демиелинизирующее заболевание неизвестного происхождения, которое поражает центральную нервную систему приблизительно 400 000 американцев. GBV-C (гепатит G) – это флавивирус, который содержится в сыворотке крови 1-2% доноров крови. Первоначально он был связан с гепатитом, но в настоящее время считается относительно непатогенным лимфотропным вирусом.
Пятьдесят замороженных образцов из мозга умерших людей, пораженных РС, были получены вместе с 15 нормальными контрольными образцами мозга. РНК экстрагировали и рибосомные РНК истощали перед секвенированием на Illumina GAII. Эти 36 bp-чтений сравнивались с не избыточной базой данных, полученной из 600 000+ вирусных последовательностей в GenBank, организованных в 4080 таксонов. Индивидуальное чтение, успешно приведенное в соответствие с вирусной базой данных, считалось «хитом». Нормализованные показатели попадания образцов РС для каждого вирусного таксона сравнивали с распределением попаданий в нормальных контролях.
Семнадцать РС и 11 контрольных экстрактов головного мозга были секвенированы, давая 4-10 миллионов последовательностей («чтения») каждая. Чрезмерное представление последовательности по крайней мере одного из 12 вирусных таксонов наблюдалось в 7 из 17 образцов РС. Последовательности напоминающие другие вирусы, ранее участвующие в патогенезе рассеянного склероза, не были значительно обогащены ни одним из образцов пораженного мозга. Последовательности из вируса GBV-C, флавивируса ранее не выделенного из мозга, были выявлены в одном из образцов мозга пациента с РС.
GBV-C в этом образце мозга был подтвержден специфической амплификацией в этом единственном образце мозга РС, но не в 30 других доступных образцах мозга РС. Полная последовательность в 9,4 т.п.н. этого изолята GBV-C (Гипатита G) представлена здесь. Это исследование показывает возможность глубокого секвенирования для выявления скрытых вирусных инфекций в мозге умерших людей с РС.
Первое выделение GBV-C (Гипатита G) вируса от человеческого мозга сообщается здесь.
